• R 软件与光合数据分析
  • 欢迎
  • 前言
  • 版权
  • 1 R 软件与 Rstudio
    • 1.1 R 软件
    • 1.2 Rstudio
  • 2 批量处理光合测定数据
    • 2.1 安装
    • 2.2 LI-6400 数据处理
      • 2.2.1 LI-6400 数据的整合{#6400combine}
      • 2.2.2 LI-6400 数据重计算
    • 2.3 LI-6800 数据的处理 {#6800data}
      • 2.3.1 R 下 Excel 格式读取的重计算 {##6800xlconnect}
      • 2.3.2 使用 Python 来处理
      • 2.3.3 批量处理 csv 文件
  • 3 CO2 响应曲线的拟合
    • 3.1 FvCB 模型
    • 3.2 CO2 响应曲线测量的注意事项
      • 3.2.1 分段性
      • 3.2.2 测量注意事项
    • 3.3 plantecophys 软件包
    • 3.4 LI-6400XT CO2 响应曲线的拟合
      • 3.4.1 fitaci 函数介绍
    • 3.5 使用 plantecophys 拟合 LI-6400XT CO2 响应曲线数据
      • 3.5.1 数据的前处理
      • 3.5.2 使用示例
      • 3.5.3 使用 ‘onepoint’ 单独计算 Vcmax 和 Jmax
      • 3.5.4 多条 CO2 响应曲线的拟合
      • 3.5.5 findCiTransition 函数
    • 3.6 C4 植物光合
      • 3.6.1 C4 植物光合速率的计算
  • 4 气孔导度模型的拟合
    • 4.1 BallBerry 模型
    • 4.2 BBLeuning 模型
    • 4.3 BBOptiFull 模型
    • 4.4 fitBB 函数
    • 4.5 fitBBs 函数
  • 5 光合最优气孔导度耦合模型
    • 5.1 FARAO 函数
  • 6 光合气孔导度耦合模型
    • 6.1 Photosyn 函数
      • 6.1.1 Photosyn 使用举例
    • 6.2 PhotosynEB 函数
    • 6.3 PhotosynTuzet 函数
      • 6.3.1 PhotosynTuzet 的参数
  • 7 RHtoVPD 函数
  • 8 光响应曲线的拟合
    • 8.1 直角双曲线模型
      • 8.1.1 直角双曲线模型的实现
    • 8.2 非直角双曲线模型
      • 8.2.1 非直角双曲线模型的实现
    • 8.3 指数模型
      • 8.3.1 指数模型的实现
    • 8.4 直角双曲线的修正模型
      • 8.4.1 直角双曲线修正模型的实现
  • 9 关于非线性拟合的初始值
    • 9.1 nlsLM 解决方案
    • 9.2 作图比对法
      • 9.2.1 实现过程
      • 9.2.2 直观展示
    • 9.3 自动多次尝试法
    • 9.4 小结
  • 10 LI-6800 的数据分析
    • 10.1 数据格式
    • 10.2 LI-6800 与 LI-6400 使用时的差别
    • 10.3 光响应曲线注意事项
    • 10.4 其他软件包的光响应曲线
    • 10.5 LI-6800 RACiR的测量与拟合
    • 10.6 LI-6800 RACiR簇状叶的测量与拟合
    • 10.7 多个速率的 RACiR 曲线研究
      • 10.7.1 光呼吸滞后模型
      • 10.7.2 光呼吸滞后性代码
      • 10.7.3 数据的构造
      • 10.7.4 光呼吸滞后性作图
      • 10.7.5 补偿点计算
      • 10.7.6 无光呼吸酶失活模块
      • 10.7.7 酶失活作图
      • 10.7.8 不同失活程度下补偿点计算
    • 10.8 时间延迟的扩散限制
      • 10.8.1 扩散限制滞后性
    • 10.9 扩散限制作图
      • 10.9.1 补偿点的计算
      • 10.9.2 所有图形代码
    • 10.10 LI-6800 荧光数据分析
      • 10.10.1 jip test 的实现
      • 10.10.2 jiptest 软件包安装
      • 10.10.3 read_files 及 read_dcfiles 函数
      • 10.10.4 jip_test 及 jip_dctest 函数
      • 10.10.5 图像查看函数
  • 11 大叶模型
    • 11.1 叶片尺度测量
    • 11.2 数据的处理
      • 11.2.1 单个测量数据的处理
      • 11.2.2 大叶模型的数据处理
  • 12 大话 PCA
    • 12.1 几何解释
    • 12.2 线性代数解释
      • 12.2.1 特征向量与特征值
      • 12.2.2 手动实现过程
      • 12.2.3 prcomp 的实现
  • 13 环境与配置
  • 参考文献
  • 由 bookdown 驱动

使用 R 语言分析 LI-6400 和 LI-6800 光合仪的数据

版权

本文旨在对广大 LI-6400XT 和 LI-6800 光合仪的用户提供一个数据分析的参考,本人或所在公司并未从中获取任何利益,内容错误疏漏之处,欢迎指正。本人保留一切权利,禁止一切将本文内容用于商业用途的行为,禁止商业公司使用。

文中内容如对您有帮助,我很欣慰。但本人水平有限,错误与疏漏之处还请谅解,欢迎讨论,欢迎提出宝贵意见及建议。本人或单位其他售后人员仅有提供相关仪器操作或故障解决的义务,处理数据和分析数据并非我们的本职工作,如有相关需还请多参考本文内容或网上相关资料,不足之处还请谅解。